Szülei: Haubner Mátyás szűcsmester, Ulich Klára.
11 éves korában a soproni líceum növendékei közé vétetett föl. hol nyolc évet töltött s mindig az elsők közt foglalt helyet. Azután Habermayer Mátyás házához ment nevelőnek Pozsonyba. 1816. május 10.-én a jénai egyetemre iratkozott be, hol az anyakönyvbe maga írta «curriculum vitae»-jét; Gabler, Danz, Voigt, Okén, Luden
és Münchow voltak tanárai. Hazájába visszatért s ismét elfoglalta nevelői állását; de rövid idő múlva Ghika Konstantin Emanuel rumén földbirtokos meghívta nevelőnek György fia mellé; e minőségben három évet töltött Bécsben és Sopronban, hol növendéke a líceumot látogatta. Elhagyva a nevelői állást, a pozsonyiak hívták meg a grammatika tanárának; de alig működött ott félévig, 1821-ben a szalonaki (Vas megye) egyház hívta meg lelkészének. 1829. februárjában Győrbe távozott lelkésznek. Híre s tekintélye hivatali ideje alatt folyton nőtt, úgyhogy a dunántúli ág. ev. egyházkerület előbb főjegyzőjévé, 1846-ban pedig szuperintendensévé választotta s október 6.-án felavattatott hivatalába. Az 1848. szabadságharc alatt egyházkerülete lelkészeihez és tanítóihoz intézett pásztori levélben (közölve H. M. emléke, Sopron, 1881. 53—60. 1.) a nemzet szent ügyét hívei figyelmébe s buzgalmába ajánlotta. E körlevél képezte azon vád alapját, melyet a szabadságharc leveretése után a császári királyi hadi törvényszék Haubner ellen emelt. A haditörvényszék előtt nyíltan tett vallást meggyőződéséről; ezért hat évi várfogságra ítélték. Két hónapot Pozsonyban a laktanyában töltött, hol leánya Matild megosztotta vele fogságát; másfél évig a kufsteini várban szenvedett. Ekkor kegyelmet nyert, azon meghagyással, hogy Sopronba vonuljon. Itt élt mint, száműzött. Végre felsőbb engedély folytán 1856. május 11.-én Geresden foglalhatott el lelkészi állást. A dunántúli ág. ev. egyházkerület 1860. május 31-re Kőszegre hívta össze az egyházmegyék képviselőit; ezek első teendője volt törvényes szuperintendensétaz egyházi elnöki székbe visszahelyezni, melyen Haubner augusztus 21.-én meg is jelent; augusztus 22—24-én tartotta az egyházkerület rendes évi közgyűlését Győrben ; e gyűlésen nyilvánult a «restitutio in integrum» feletti öröm. Tíz évi távollét után vonult be Haubner a városba s 1861. április havában elfoglalta szuperintendensi hivatalát. De a folytonos munka és szenvedés megtörték erejét és 1865-ben lemondott lelkészi hivataláról, melyet 1866 őszén utódjának Karsay Sándornak átadott, mire a magánéletbe vonult vissza. Élete hátralevő napjait Sopronban, egyetlen fia dr. Haubner Rezső házában töltötte. Meghalt 1880. szeptember 12.-én A halotti szertartás alkalmával Karsay Sándor szuperintendens tartott magyar beszédet, a temetőben pedig Freitag Viktor szónokolt németül. Az egyházkerületi gyámolda végakarata szerint 10,500 forint alapítványnak jutott birtokába. — A Prot. Egyh. és Isk. Lapban huzamosabb ideig polémiát folytatott Szenczy Ferencz pesti teológiái tanár, utóbb szombathelyi püspök ellen az evangéliumi szabadságról, mely mellett H. lelke egész erejével szállt síkra ; itt jelent meg 1846. nov. 29. Győrben kelt első körlevele (1847. 12. sz.); egyházi beszédei a Török Pál által szerkesztett Egyházi beszédek II. kötetében (Pest, 1845,), a superintendenssé történt megválasztatása és felavattatása alkalmával Pápán tartott Beszédek (Győr, 1846.) gyűjteményében: A superintendensi hivatal elfogadása iránt tett nyilatkozata s az ünnepélyt berekesztő szavai; a Török Pál és Székács József Protestáns lelkészi tárában (I. Pest, 1854. Okos ember hogyan hosszabbítja meg életét, virágúrnapi beszéd.) — Munkái: 1. Részvételre buzdítás egy magyar egyházi és oskolai Journalra az az folyóirásra ily czím alatt: Keresztény Egyházi Tár. Győr, 1832. — 2. Halotti beszéd, melyet Első Ferencz apóst, magyar király... gyász innepén a n. győri evang. a. v. gyülekezet szent-egyházában 1835. böjtmás hava 25. napján. . . tartott. U. ott. — 3. A protestáns keresztyének lelki szabadsága. Kiadta magyar, német és szláv nyelven gróf Zay Károly. Pozsony, 1843. — 4. Egyházi szent beszéd, melyet megboldogult gróf Széchenyi István úrnak tiszteletére a nagy-geresdi evangélmiak szentegyházában megült gyászünnepen tartott. Sopron, 1860. — Mikor Napoleon megbukása után a szövetségesek benyomultak Francziaországba, a veszprémi ifjúság a megsebesült önkéntesek (volontérek) javára egy színdarabnak előadására vállalkozott; a közreműködésre felszólították őt is, de atyja nem engedte meg, hogy theologus fia a színpadra lépjen ; de hogy a nemes vállalat iránt H. mégis részvétet tanúsítson, egy színdarabot maga készített. Előadásán Horváth prépost is megjelent. Kiadta Luther Kátéját is magyarul. — Arcképe kőnyomat névaláírásával a Haubner Máté emléke (Sopron, 1881.) cz. munkában. Thewreu-k József, Magyarok Születésnapjai 93. 1. — Geschichte der evang. Kirche in Ungarn und Siebenbürgen. Berlin, 1854. 612. 1. — Haan, Jena Hungarica 142. — Györi Közlüny 1860. 68. SZ. — Vasárnapi Újság 1861. 7. SZ. arczk. — Protestáns Naptár 1862. arczk. — Pesti Napló 1880. 241. SZ. — Sopron 1880. 74. SZ. — Prot. Egyh. és Iskolai Lap 1881. 13— 15. SZ. (Poszvék Sándor). — Haubner Máté dunántúli superintendens emléke. Sopron, 1881. arczk. — Mokos, Magyarországi tanulók a jenai egyetemen 97. 1. — Petrik Bibliogr. és gyászjelentés.
Forrás: Szinnyei József: Magyar írók élete és munkái. IV. Gyalai-Hyrtl. Budapest, 1896.